取得済みデータを、研究判断に使える解析結果へ

よくある課題対照群と処理群の差を、batchの影響と生物学的反復を踏まえて評価したい。

相談時に確認する入力

FASTQまたはcount matrix、群・反復・batchを含むsample sheet、参照情報

想定する解析工程

read／count QC → 正規化 → PCA・cluster → 差次的発現 → GO・pathway

想定する成果物

QC summary、発現表、volcano／heatmap、候補遺伝子・経路表、解析レポート

よくある課題input／controlと反復を考慮し、条件間で再現するpeakと関連遺伝子を整理したい。

相談時に確認する入力

ChIP-seq FASTQ/BAM、input/control対応表、sample metadata、参照ゲノム

想定する解析工程

library QC → mapping → peak calling → annotation → browser track → 条件間比較

想定する成果物

QC指標、peak一覧、注釈表、track、比較図、追加解析候補

よくある課題coverageとfilter条件を確認し、既存候補を含めてレビュー可能な優先順位表にしたい。

相談時に確認する入力

FASTQ/BAM/VCF、sample・phenotype情報、候補遺伝子、参照・annotation情報

想定する解析工程

QC・coverage → calling／既存VCF確認 → filtering → annotation → sample横断比較

想定する成果物

coverage summary、注釈付きvariant表、filter履歴、候補review表、注意点

よくある課題pairing、depth、既存filterを点検し、再解析が必要な範囲を明確にしたい。

相談時に確認する入力

paired BAM/VCF、sample対応表、既存report・pipeline情報

想定する解析工程

pair・QC確認 → coverage・artifact review → variant比較 → annotation → 差分整理

想定する成果物

再確認結果、条件差分、候補表、再解析範囲の提案（診断・治療判断は対象外）

よくある課題複数検体の品質差とbatchを確認し、条件で増減するclusterを探索したい。

相談時に確認する入力

H5ADまたはmatrix/barcodes/features、sample・condition・batch情報

想定する解析工程

cell QC・doublet → 正規化・integration → UMAP・cluster → marker・cell-type review

想定する成果物

QC table、UMAP、cluster比率、marker表、cell-type review表、解析レポート

よくある課題組織画像、座標、発現・タンパク質を合わせ、領域差と近傍傾向を見たい。

相談時に確認する入力

H5AD/matrix、空間座標、組織画像、feature表、ROI・sample metadata

想定する解析工程

spot/cell/image QC → 空間cluster → cell-type review → 領域比較 → 近傍・cross-modality

想定する成果物

空間map、領域別marker表、近傍・共局在図、統合figure、解釈レポート

よくある課題paired designとbatchを保ったまま、diversityと変動候補を評価したい。

相談時に確認する入力

16S/18S/ITS FASTQ、primer情報、群・時点・被験体IDを含むmetadata

想定する解析工程

trim・denoise・chimera → ASV/taxonomy → alpha/beta diversity → paired比較

想定する成果物

QC、ASV・taxonomy表、diversity図、組成図、比較候補、解析条件

よくある課題host readとデータ量を確認し、菌種構成と機能profileの違いを整理したい。

相談時に確認する入力

shotgun FASTQ、培養条件・batch・時点を含むmetadata、host reference

想定する解析工程

QC・host除去 → taxonomy → diversity → 機能profile → 条件間比較

想定する成果物

QC、組成・機能表、ordination、候補経路、条件間比較図、report

よくある課題同一撮像条件の画像から、細胞単位の形態・強度差を再現可能に測りたい。

相談時に確認する入力

TIFF/OME-TIFF、channel・pixel size、ROI、群・濃度・反復情報

想定する解析工程

画像QC・補正 → segmentation → feature計測 → segmentation QC → 群間比較

想定する成果物

overlay画像、object table、形態・強度plot、QC結果、条件・parameter report

よくある課題plate・well・fieldの構造とbatchを考慮し、類似表現型や外れ値を探索したい。

相談時に確認する入力

多channel画像、plate map、well/field/channel対応、処理条件、batch情報

想定する解析工程

plate QC → illumination補正 → 細胞区画segmentation → feature QC・正規化 → UMAP/cluster

想定する成果物

細胞profile表、QC、UMAP、類似度・cluster表、代表画像、表現型比較report

よくある課題voxel情報を保ち、群間で3D objectの体積・表面・空間関係を比較したい。

相談時に確認する入力

Z-stack、3D TIFF/OME-Zarr/CZI、voxel size、channel、ROI・群情報

想定する解析工程

3D QC → 3D segmentation → object・surface計測 → 距離・共局在 → 群間比較

想定する成果物

3D mask、object table、断面・立体図、比較plot、parameter・限界report

よくある課題focus・singlet・compensationを確認し、画像特徴とgatingを同じ解析で扱いたい。

相談時に確認する入力

ImageStream等の解析可能データ、compensation matrix、marker/channel表、群情報

想定する解析工程

data/focus/singlet QC → compensation review → gating → translocation・形態feature → 比較

想定する成果物

gating履歴、集団比率、feature table、代表画像、比較図、解析report

よくある課題欠損、batch、反復を確認し、FDRを考慮した候補とpathwayを整理したい。

相談時に確認する入力

protein/peptide定量表またはmzML、sample・condition・batch情報

想定する解析工程

QC・filter → 欠損確認・正規化 → PCA/cluster → 差次解析・FDR → pathway

想定する成果物

QC、正規化表、候補protein表、volcano/heatmap、pathway表、report

よくある課題構造信頼度を確認し、重ね合わせ、pocket、残基contactの差を図示したい。

相談時に確認する入力

PDB/mmCIFまたは予測構造、FASTA、ligand情報、比較対象、解析目的

想定する解析工程

構造QC → domain・二次構造 → alignment/RMSD → surface/pocket → contact比較

想定する成果物

注釈付き3D図、RMSD・contact表、pocket図、構造上の注意点、review report

よくある課題sample IDや解析条件が異なる成果物を棚卸しし、比較可能な範囲を明確にしたい。

相談時に確認する入力

既存CSV/TSV、figure、report、解析log、metadata、新規解析済みデータ

想定する解析工程

asset棚卸し → ID・条件整合 → 再統計・再可視化 → modality対応 → 差分review

想定する成果物

統合workspace/export、条件差分表、再作成figure、再現性・限界・次の検証候補