サービスに含むもの
- 解析目的・比較設計・成果物の事前確認
- 受領データの形式確認と基本QC
- IASを使った標準解析、可視化、結果整理
- 解析条件・主要結果・注意点をまとめたレポート
- 納品時の結果説明と追加解析範囲の確認
IAS CONTRACT DATA ANALYSIS
お客様が取得済みのNGS、画像、プロテオミクス、空間多層マルチオミクス等のデータを受領し、IASでQC、解析、可視化、結果整理を行います。解析条件と成果物を合意してから着手する、研究用途の受託データ解析です。
LifeAnalyticsが担当するのはデータ取得後の解析工程です。ウェットラボ、撮像、測定等のデータ取得工程を含めず、IASの解析ワークフローに適合するデータを対象にします。
解析目的、サンプル設計、リファレンスの有無を確認し、標準パイプラインまたは個別設計で進めます。
発現量、サンプル間差、候補遺伝子を研究レビューにつなげます。
配列QCから変異候補と注釈までを一つのレビュー単位に整理します。
細胞集団、マーカー候補、サンプル差を可視化します。
微生物組成と群間傾向を、解析条件とともに整理します。
取得済みの顕微鏡・細胞・病理画像から、領域、個数、形態、強度等を定量します。
取得済みの多チャネルCell Painting画像から、細胞単位の形態プロファイルと表現型差を整理します。
取得済みのZ-stackや3D顕微鏡画像から、立体構造、体積、表面、形状、空間関係を定量します。
取得済みのイメージングフローサイトメトリーデータから、細胞集団と画像特徴を同時に定量します。
取得済みまたは予測済みの分子構造から、構造品質、類似性、結合部位、分子間相互作用を整理します。
取得済み質量分析データや定量表を、品質評価から比較・機能解釈まで整理します。
空間座標、組織画像、発現・タンパク質等の複数階層を統合して可視化します。
既存の解析表や図をIASに整理し、再現性と研究判断の観点から見直します。
FIXED SPATIAL MULTI-OMICS PLAN
同一試料から取得済みの空間オミクス、顕微鏡画像、NGS等を統合するフル解析プランです。公開されている標準案件価格と外部向け専門解析レートを同等範囲に標準化し、通常価格も市場参考額より44%以上低く設定しています。
PRICE POLICY
同等範囲の解析単体公開価格を市場参考額として標準化し、その56%以下をLifeAnalyticsの開始価格に設定しました。検体処理、撮像、質量分析測定、空間オミクス測定、ライブラリー調製、シーケンスは価格にもサービスにも含みません。
FASTQ QC、trim、alignment/疑似alignment、発現定量・正規化、PCA、差次的発現、GO・パスウェイ
1検体(比較解析は2群・各3反復以上を推奨)
現行の国内公開解析単体価格を基準に更新しました。比較設計が成立しない単独検体では差次的発現解析を行いません。
ヒトgermline WGS/WESのQC、mapping、重複・coverage確認、SNV/indel calling・filtering、基本annotation
1検体の基本解析
CNV/SV、腫瘍・正常ペア、家系解析、非モデル生物は別工程として見積します。
FASTQ QC、mapping、重複・library complexity・FRiP確認、input正規化、peak calling・annotation、browser track
1検体(1ライブラリー)の基本解析
motif、IDR、群間のdifferential peak解析は、対照・反復設計を確認して追加見積します。
FASTQ QC、host-read除去、分類・組成表、alpha/beta diversity、ordination、基本的な機能プロファイル
1検体の基本解析
de novo assembly、MAG/binning、耐性遺伝子、詳細な代謝経路・群間統計は別工程です。
primer trim、denoise、chimera除去、ASV/OTU、taxonomy、組成表、alpha/beta diversity、ordination
1検体(同一解析batch)
高スループットbatchの1検体価格です。群間統計は各群3反復以上を推奨し、検体数・比較数を事前確認します。
cell QC、doublet確認、正規化、batch integration、PCA・UMAP、clustering、marker、初期cell-type annotation
1検体(標準案件は4検体から)
2条件・各2反復以上を標準案件とします。FASTQ一次処理、trajectory、cell communication、詳細な条件間解析は別工程です。
画像QC、背景・illumination補正、ROI/object segmentation、segmentation QC、形態・強度定量、基本統計・可視化
1検体(同一撮像条件・標準画像4枚まで)
同一撮像条件の標準2D画像4枚までを1検体として算定します。Cell Paintingはwell・field・channel・plate数、3D画像構造解析はz-slice・voxel・channel・総データ量と解析工程を確認して個別見積します。
データ・focus・singlet QC、compensation確認、標準gating、細胞集団比率、形態・強度・texture・局在・共局在・translocation特徴量、代表画像・基本比較
1検体(1測定ファイル・標準12 channelまで)
取得済みデータの標準解析です。測定、染色、panel設計、compensation control作成、複数ファイル統合、高次元解析、新規classifier開発は別見積です。
構造QC・信頼度確認、domain・二次構造、比較構造との重ね合わせ・RMSD、表面・pocket、残基contact、protein–ligand/protein–protein相互作用、注釈付き3D図
1検体(1分子または1複合体・標準構造1式)
取得済みまたは予測済み構造の標準解析です。実験的構造決定、cryo-EM再構成、長時間の分子動力学、自由エネルギー計算、大規模virtual screening、新規model開発は別見積です。
定量表のfiltering・欠損確認、正規化、PCA・clustering、差次的タンパク質、FDR、多重検定、機能・pathway解析
1検体(同一解析batch・解析可能な定量表)
同一解析batchの1検体単価です。群間の差次解析、FDR、pathway解析は比較設計を満たす検体群で実施します。RAW/mzMLからのdatabase search、同定・contaminant処理は別工程です。
入力・metadata・spot・cell・画像QC、正規化、次元削減、空間domain・clustering、細胞型確認、領域・条件間RNA/protein比較、画像registration/segmentation結果との統合、近傍・共局在・pathway・cross-modality可視化、解釈レポート・説明
1検体(空間omics・顕微鏡画像・NGSデータ1式)
取得済みデータを対象とする1検体のフル統合解析です。測定、撮像、ライブラリー調製、シーケンス、大規模な手作業annotation、新規model開発、標準範囲を超えるデータ量・比較数は別見積です。
44% OFF
上記にない個別解析は、同等条件の解析単体・税抜参考額からLifeAnalyticsの開始価格を確認できます。
データを送る前に、解析成立性と安全な受け渡し方法を確認します。
研究目的、データ形式、サンプル設計、希望成果物を共有します。
データ量、品質情報、リファレンス、比較条件、機密性を確認します。
解析工程、納期、納品物、価格、データ保持期間を合意します。
合意した方法で、必要最小限のデータとメタデータを受領します。
QC、標準解析、可視化、担当者レビューを実施します。
結果、解析条件、注意点を納品し、必要に応じて説明します。
解析仕様に応じて、再確認しやすい形式でまとめます。
現在LifeAnalyticsが提供するのは取得済みデータの解析です。核酸抽出、ライブラリー調製、シーケンス、顕微鏡撮像、質量分析測定、空間オミクス測定は提供範囲に含みません。
標準メニューは解析単体の公開価格を基準に56%以下の開始価格を表示しています。ただしデータ量、品質、サンプル設計、解析工程、納品物で作業量が変わるため、事前確認後に正式見積を提示します。
FASTQ、BAM/CRAM、VCF、H5AD、count matrix、CSV/TSV、TIFF・OME-TIFF・OME-Zarr・CZI等の2D/3D画像、Cell Painting画像、ImageStream等の解析可能なデータ、PDB・mmCIF・SDF・MOL2等の分子構造、mzML・peptide/protein定量表、空間座標・組織画像等を相談できます。解析目的、品質、リファレンスの有無によって対応可否を確認します。
はい。取得済みのCell Painting多チャネル画像について、segmentation、形態プロファイル、正規化、batch影響確認、表現型比較を行えます。Z-stack等の3D画像については、3D segmentation、体積・表面積・形状、距離・共局在、立体可視化に対応します。撮像は含まず、plate map、voxel size、channel情報等を確認して個別見積します。
はい。取得済みのImagingフローサイトメトリーデータは、focus・singlet QC、gating、形態・強度・局在・共局在・translocation等を解析します。PDB・mmCIF等の分子構造は、構造QC、重ね合わせ、pocket、残基contact、分子間相互作用を整理します。測定や実験的構造決定は含みません。
データ量、サンプル数、解析工程、品質確認の結果で変わります。事前確認後の見積に、着手条件と目安納期を記載します。
本サービスは研究用途限定です。個人情報、倫理審査、契約、匿名化、保管条件を満たせないデータは受領できません。診断や治療判断は行いません。